网站结构包括：“物理结构”和“逻辑结构优化”两部分。

物理结构优化

网站物理结构指的是网站目录及所包括文件所存储的实在位置所表现出来的结构，物理结构一般包括两种不同的表现形式：扁平式物理结构和树形物理结构。

对于小型网站来说，一切网页都寄存在网站根目录下，这种结构便是扁平式物理结构。选用扁平式物理结构的网站。

这种扁平式物理结构对搜索引擎而言是最为理想的，由于只要一次访问即可遍历一切页面。但是，假如网站页面比较多，太多的网页文件都放在根目录下的话，查找、保护起来就显得适当麻烦，所以，扁平式物理结构一般适用于只有少量页面的小型、微型站点。

对规模大一些的网站，往往需要二到三层乃至更多层级子目录才能保证网页的正常存储，这种多层级目录也叫做树形物理结构：即根目录下再细分成多个频道或目录，然后在每一个目录下面再存储归于这个目录的终极内容网页。

选用树形物理结构的好处是保护简单，但是搜索引擎的抓取将会显得相对困难。互联网上的网站，由于内容遍及比较丰富，所以大多都是选用树形物理结构。

逻辑结构优化

与网站的物理结构不同，网站的逻辑结构也称为链接结构，主要是指有网页内部链接所构成的逻辑结构，或者称为链接结构。逻辑结构和物理结构的区别在于，逻辑结构由网站页面的相互连接联系决议，而物理结构由网站页面的物理寄存地址决议。

在网站的逻辑结构中，通常选用“链接深度”来描绘页面之间的逻辑联系。“链接深度”指从源页面到达方针页面所通过的路径数量，比如某网站的网页A中，存在一个指向方针页面B的链接，则从页面A到页面B的链接深度便是1。

和物理结构相似，网站的逻辑结构相同可以分为扁平式和树形两种：

—扁平式逻辑结构：扁平式逻辑结构的网站，实际上便是网站中恣意两个页面之间都可以相互连接，也便是说，网站中恣意一个页面都包括其他一切页面的链接，网页之间的链接深度都是1。网络上，很少有单纯选用扁平式逻辑结构作为整站结构的网站。

—树形逻辑结构：是指用分类、频道等页面，对同类属性的页面进行链接地址组织的网站结构。在树形逻辑结构网站中，链接深度大多大于1。